沙出发讨董的时候，刘祥助其干掉了不提供粮草的荆州刺史王睿，以及南阳太守张咨。后来，孙坚因为依附于袁术，参与讨董而躲过一劫，但刘祥却因枉自杀害朝廷大员而被嫉恨，被luàn兵攻杀。
不久之后，董卓任命刘表为荆州刺史，而恰好刘表早年就与刘祥不合，便将刘巴给抓了起来，并想找借口暗害于他。
但刘巴很聪明，设法逃过了此劫，并避难零陵，做了零陵郡户曹掾的主簿。后来，随着刘巴的才能和名声传遍四方，刘表又兴起启用之意，屡次征辟他去刺史府做官，却被他婉言推辞。即便是刘备，在投奔荆州后，也曾慕名前去拉拢，可惜刘巴却看不起他，一直婉拒。
后来刘表病死，曹cào南下荆州，刘巴分析出天下大势后，当即果断地前往归顺，并深受曹cào器重，让其做了府中曹掾。不久，赤壁之战战败，曹cào被迫回到北方，但却令其去说降长沙、零陵、桂阳三郡，刘巴也欣然应允。
可这时候，刘备却已经轻松取得三郡，刘巴被堵住了退路，进退不能。诸葛亮知道他的才华，亲自写信给他，劝他投靠，但极度反感刘备的刘巴，根本不愿从命，加上之前的事情，终于被刘备所嫉恨。
无奈之下，刘巴只能更名换姓，南逃交州。可祸不单行，他的意见根本不被交趾太守所接受，反而对其生疑。
此时，刘巴得不到交州势力的保护，又担心刘备派遣探子追上门来，无奈之下，又只得从小路千里绕道，逃往益州。后来几经周折，又得贵人相助，这才能活着抵达益州，在刘璋手下做事，并得到了庇护。
几年后，刘备带兵入川，刘巴就是坚决反对者之一。只可惜刘璋不听谏言，最终导致身死国灭，可怜刘巴逃了刘备数年，最终还是落到了他的手中。好在刘备也确实是个枭雄，在这个时候反而不再计较过去之事，将刘巴半bī半请地收到了帐下。
只是，从此之后，刘巴除非办公事，几乎不与众人多说半句。张飞曾经故意去他家住一天，结果刘巴硬是不理不睬