飞逝的秒针，流动的水星，现代社会人心荒芜疲惫，柯南的推理是一剂良药。千寻再次来东京游玩，真实的目的是敷岛探险，传说中的幽灵船龙神号在风雨交加的夜晚突然出现，引起了她的极大好奇。晓月气哼哼地批评千寻是无事生非，不过，在她的圣闘士动画中，也有一集是幽灵船故事的，所以也想去看看到底怎么回事。静杨、小雅、直子三女对这种灵异的事情，多少有些胆怯，就决定不去了。千钧只好独自陪两位妹妹前往敷岛游玩。
龙神号是在7年前台风来临之际遇难的，传说这艘船上有价值十亿日元的金块，它的再次出现引起了很大的轰动。但让敷岛村长失望的是，船上没有找到任何金子。大家都怀疑是幽灵船、水军作祟，村长根本不信。
在出发当日，千钧兄妹在船上巧遇毛利三人组，他们也要去敷岛。原来，毛利小五郎被邀请去演讲，随行的还有电视台的人，显然，小兰还不知道幽灵船和水军作祟的事情，否则她肯定会害怕。轮船快速航行，大家在甲板上观看海景，两位美丽的少女千寻和晓月指着远方，低身讨论着。敷岛的接应人员是助役木下五郎，今年53岁了，戴着眼镜，给人一种阴沉的感觉，告知大家，“再有3个小时，就到敷岛了。这次毛利先生能答应为我们演讲，大老远跑到这个偏僻的地方来，真不知如何感谢才好……”小五郎哈哈大笑，“没什么了，不过，你们那里还真远啊！”
小兰见老爸出丑，从后面掐了他一下，小五郎大叫好痛。千钧低声道，“这个木下感觉怪怪的！”柯南哼了一声，“我觉得他很正常，是典型的日本人！”千寻和晓月围绕着海景的作图激烈争吵着，千钧苦笑，“我就知道她们会这样。”柯南大喊，“木下伯伯，传说的龙神号又被发现了对不对？”这下也引起了千寻和晓月注意，二人停止了吵闹。木下五郎肯定，“没错，岛上的居民都说是幽灵船，还引起了一场骚动呢。”
晓月询问，“可是听说到最后也没有找到那些金块。”木下苦笑，“其实，没有人知道以前上面到