太阳系除了那些大家所知的星体外，还有些奇怪的杂乱东西。星际尘埃是分散在星际气体中的固态小颗粒。根据星光的消光量可推断出这种消光物质大致是0.1μm半径的固体颗粒。尘埃的物质可能是由硅酸盐、石墨晶粒以及水、甲烷等冰状物所组成。与太阳系的生命相比，这些尘埃颗粒的生命是短暂的。如果发现一颗存活超过一千万年的颗粒，那这个颗粒一定是从更大的碎片中被释放出来的。
除了星际尘埃，另外还有充满冰冻小岩石、被称为柯伊伯带的第二个小天体区，在柯伊伯带之外还有黄道离散天体、太阳圈和依然属于假设的奥尔特云。
柯伊伯带是一种理论推测认为短周期彗星是来自离太阳50—500天文单位的一个环带。位于太阳系的尽头。柯伊伯带天体，是太阳系形成时遗留下来的一些团块，是太阳系大多数彗星的来源地。
黄道离散天体是指在柯伊伯带中运行轨道偏离且远不同于正常黄道面轨道的外海王星天体。各个黄道离散天体与太阳的距离有巨大明显的差异，其差异可达10亿公里以上。大部份发现的黄道离散天体均在柯伊伯带的外侧区域。
太阳圈也称为日球，是太阳风吹入星际物质（由银河系渗入的氢和氦）的空间中造成的气泡。太阳圈电流片是转动的太阳磁场在太阳圈内创造出来的涟漪。延伸在太阳圈中，被认为是太阳系内最大的结构，类似芭蕾舞的女舞者舞动中的裙摆。太阳圈的外围结构取决于太阳风和星际空间风的作用。太阳风由太阳的表面向四面八方流出，在地球附近的速度大约是每秒数百公里。
太阳风中包含的微粒有来自日冕的离子和由微粒携带的场，特别是磁场。终端激波是太阳风因为与当地的星际介质产生交互作用而减速至亚音速的场所。日鞘是太阳圈的终端激波外面的区域，太阳风在此处因为与星际介质的交互作用，因而减速、压缩和产生湍流。太阳层顶是来自太阳的太阳风受到星际介质阻挡而停止之处；此时太阳风的强度不足以推挤开来自周围恒星的恒星