在郑锐答应出售的军火和余名教官到达京师后，崇祯皇帝立刻下旨从勇卫营抽调部分骨干组成新的羽林卫，在郑瑞派出的教官的劝说下，羽林卫选用了郑锐军团的编制，兵力也达到了一个旅的规模（4）还配备了一个标准的炮兵连门火炮（门磅炮，4门磅炮，两门磅炮）
尽管组建羽林卫的消息不知何时泄露了并且遭到大臣们的激烈反对，但崇祯皇帝还是顶住了压力，并且不顾脆弱的财政压力，给予了羽林卫巨额的军费。
事实也证明，羽林卫也并没有让崇祯皇帝失望，在剿灭农民军时闯王李自成无奈地说出：但有羽林卫、勇卫营在，我等永无北阙。勇卫营在辽东战场也有过成功阻挡主力数倍于己的旗军进攻的案例。而且相比旧式的勇卫营，在新军事思想和先进武器的武装下羽林卫每次作战的伤亡要更低，部队战力恢复要远快于勇卫营。但最终因为巨大的财政压力，祯皇帝企图组建更多羽林卫的计划破产了。
在勇卫营被农民军全歼后，羽林卫更是成为了明朝仅有的可战之兵。
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