特工们为了能够抓住背后的船长墨菲斯，用尼奥做诱饵引其出动。毕竟船长墨菲斯才是这帮特工们的头号敌人。不过可惜，墨菲斯老奸巨猾，只是派了崔妮蒂找到了尼奥。
崔妮蒂也是个黑客当然知道尼奥已经被特工们种上了跟踪器。如果连跟踪器都不能对付那真不配坐黑客了。于是崔妮蒂很轻松的搞定了尼奥的追踪器。辗转数里将其带到了墨菲斯的面前。
墨菲斯告诉尼奥，他们生活在一个虚拟的空间内。这个空间被命名为矩阵。原来人类的真正的历史已经进入到了20XX年。人类在过去发明了AI（人工智能），然后机械人叛变，与人类爆发战争，人类最后失败了。这有点儿像施瓦辛格的《终结者》，人类制造了天网，天网叛变与人类爆发了旷日持久的战争。
迫不得已的情况下，人类使用了特殊的装置把整个天空布满了乌云，想以此切断机械人的能源(太阳能)，谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源，就是利用精子库还有基因工程，制造出了一批人类。然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。这些人类从出生到死亡都已经设置好了。而且人类生活的年代永远都是1999年这个虚拟的世界里。
抓他的那些戴墨镜的人是特工，是矩阵制造出来的杀毒程序而不是真正意义的人。所以矩阵赋予了超越常人的能力。他们可以改写人类角色程序的能力，只要不是黑客都有可能被他们强制性的转生成本体。
尼奥也在莫菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，并加入了人类反抗组织，在莫菲斯训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出与其他黑客的不同之处。尼奥的成长速度很快，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，出卖了黑客，莫菲斯被杀毒软件特工们抓走了。杀毒特工们为了获得更多的信息，将那些反抗组织的人一网打尽，对墨菲斯进行拷问。不过尼奥这人比较的重义气，于是救