人类补完计划委员会——色ele，名义上是联合国下属的一个组织，实际上他们操控着联合国的许多事务，作为觉醒智慧之果的人类，清楚人类与莉莉丝的契约，但是，觉醒智慧之果往往是一些垂垂老矣的老人，并不具有悠久的生命，
于是，为了人类的补完，这些老人自我牺牲，抛弃**，将自己的生命形态转换，意识成为电脑程序一般的存在，按照《死海文书》中记载的信息，编制的人类补完计划的剧本，并调整细节，将人类送上永生之路。
只是全世界的那些普通人，那些国家的领导者，如果知道真相，不知会作何感想。当然，别说普通人，那些国家高层也不知道人类补完计划，真以为nerv是在拯救世界，打败了使徒，就能复兴世界。
三号机运抵第三新东京市，一切工作有条不紊地进行，按色ele提供的剧本，应该会有一个具有特殊能力的使徒来袭，结果，使徒没来……难道使徒也会半道开小差，给漂亮妹子吸引什么的？
使徒没来，谁也没办法，总不能打电话联络一下使徒，请它按时来送死，不然给它差评之类的，只能等待。
这一次，平静的日子持续了较长的时间，不但没让人安宁，反而像是暴风雨前的宁静，让所有nerv的成员都觉得烦躁不已。同时，国际上因为日本有了数台eva争吵不休，在他国看来无疑是相当具有威胁性的。拯救世界当然是好的，不过，那得是在自己的利益得到保障的前提下。
不说各个国家之间为了一点点利益，斤斤计较，就算是色ele与nerv之间也存在各种龌龊。
色ele的愿望就是按照与莉莉丝的契约，人类全部变成lcl，橙汁一样的液体，莉莉丝复活，人类全部回归黑之月，精神再无隔阂，一起永生。
nerv的总司令碇源渡一直听命于色ele，实际执行种种计划，实际上他与色ele同床异梦（一群老男人同床异梦……呕！），有着自己的计划。
本来，老实按照色ele的计