时，智慧之树也诞生它的第一个使徒——莉莉丝（lilith）。
一个星球怎么容纳两个生命之源？一山不容二虎，不可避免地，亚当与莉莉丝之间爆发冲突。
莉莉丝与亚当同时发现，如果它们两者结合，再加上一颗完美的生命之果，必将诞生一个超越它们的生命体，但是，谁也不愿意被吞噬，都想成为新生命体的主导者，冲突也就演变成你死我活的战斗。
与亚当进化出优秀的基因、适应各种环境的进化方向不相同，莉莉丝走的是智慧进化路线，通过不断积累知识，获得适应环境的生存能力，乃至于改造自然。
亚当与莉莉丝是同等的存在，但是，单就力量上来说，莉莉丝比亚当弱小一些。最终，莉莉丝以受创严重的黑之月撞击地球，导致了当时地球生命的大灭绝，也就是第一次冲击。作为当时地球霸主的恐龙难逃劫数，大部分都成为地层中的化石。
第一次冲击也导致了亚当停止活动，莉莉丝本身也陷入沉睡，不过，莉莉丝也释放出了它的生命因子，它的体液lcl——生命之汤。
亚当与莉莉丝双方都陷入沉睡，但是，它们的斗争并未结束，演变为它们各自的生命因子的竞争。地球上残存的生命，也就是亚当散布的生命种子继续繁衍进化，当然，没有亚当的引导，却受到莉莉丝释放的生命因子的影响，这一次生命的进化的演化更加多样性，彼此的竞争更加激烈。
亚当引导进化是不断改变生命的基因，莉莉丝的智慧因子则是作用于生物的脑部、神经系统，改变其构造，产生智慧生命。智慧因子影响了地球上生命进程，许多生物都受到智慧因子的影响，生命不断的竞争中，最终，只有一种古猿在智慧因子的引导下，进化出一种真正的智慧生命，也就是今天的人类，在之后的百万年时间，人类迅速成为地球的主宰。
莉莉丝在智慧因子中留下，潜藏在人类的灵魂记忆之中一些信息，在人类成为真正的智慧生命之后，一些超凡的人类会记起这些信息，当然，他们自己并不