太祖高皇帝最初设立大都督府，掌天下之兵。洪武十三年，罢中书省，仿《周礼》六卿制度，设六部直属于皇帝。同时也将大都督府一拆为五，分为中军、前军、后军、左军、右军都督府。
按照高皇帝的设计，五军都督府互相平行，按照地域划分辖区，管理辖区内的都司卫所。
明朝都司所辖的卫所并非只有军户，一样也有民户，而且都司本身还有司法管辖权，可以说是国中之国，权力极大，将都督府拆分成五部，只是分权，并没有权责上的限制。
五军都督府有统兵权，却无调兵权。一旦国家用兵，是由兵部下发调兵文移，从各卫所抽调战兵，指派总兵官为将。所以兵部有调兵遣将之权，但本身手里是没有兵的。
同时为了做到军事保密，五军都督府下辖的军户丁口，从不报备兵部知道。明朝的兵部尚书，根本不知道国内有多少卫所兵。而五军都督府掌握在固定几家勋戚手中，时日一久便盘根错节，又有上下其手的空间，最终导致卫所屯田被世袭军将侵吞，军户逃籍，转为将领家奴。
到了嘉靖之后，五军都督府甚至失去了事权，全面沦为勋衔。其统兵职能落在兵部头上，而卫所却已经全面崩坏，无兵可调，只能允许募兵制大行其道。这又成了国家军队向将领私人军队转化的渊薮，最终酿造出晚明的藩镇。
没有一个当权者会忽视兵权，更不可能让手中的兵权旁落。
朱慈烺是皇明太子，不是大将军，不可能所有精力都放在军事建设上，所以从制度上杜绝这支军队倒退回私兵制度。是很有必要的。尤其趁着现在军中还算干净，山头派系还没有出现，更有必要在制度上加以明确。
“五军都督府我还是想归于一统，重设洪武初年的大都督府。”朱慈烺道：“但都司卫所肯定是要撤的，所以都督府的权责只在于统兵、练兵、募兵和打仗。下分总参谋部、总后勤部、总装备部和总训导部。简单来说，总参谋部管怎么打赢仗；总后勤部管衣食住行；总装备部管武器装备；总